Il obtient en 1961 sa licence ès lettres à l'Université de Lausanne, en 1962 et en 1963 des certificats de musicologie et esthétique à Paris.
Diplômé de l'Ecole du Louvre en 1965, il est ensuite membre de l'Institut suisse de Rome de 1965 à 1967.
De 1967 à 1976, il assure la direction de voyages culturels en Asie pour le Journal de Genève.
En 1976, il obtient son doctorat ès lettres à l'Université de Lausanne en soutenant une thèse intitulée «Transparence et opacité: essai sur les fondements théoriques de l'art moderne», thèse publiée à L'Age d'Homme en 1976.
En 1976, Philippe Junod est nommé professeur ordinaire d'histoire de l'art à la Faculté des lettres de l'Université de Lausanne.
Il sera par la suite professeur invité aux Universités de Genève, Neuchâtel, Fribourg, Saint-Pétersbourg et Barcelone, membre du Conseil de Fondation de Pro Helvetia, délégué de la Suisse au Comité International d'Histoire de l'Art, membre du Conseil scientifique de l'Institut suisse de Rome, membre d'honneur du Comité de l'Institut suisse pour l'Etude de l'Art, correspondant scientifique des revues « Histoire de l'Art » (Paris) et «Artibus et Historiae» (Cracovie), membre du Conseil de Fondation du Conservatoire de musique de Lausanne.
Le professeur Philippe Junod a participé tout au long de sa carrière à de nombreux colloques et congrès scientifiques et donné de très nombreuses conférences dans diverses universités suisses, mais aussi européennes comme Paris, Lyon, Weimar, Vienne, Bruxelles Bologne, Nantes, pour n'en citer que quelques-unes, ou américaines comme Princeton, Chicago, Ottawa, New York ou Sao Paolo.
Parmi les principales publications du professeur Philippe Junod, en plus de sa thèse que nous venons de mentionner et dont une réédition est actuellement en cours de publication, on peut citer les volumes suivants:
- La musique vue par les peintres, Lausanne/Paris, 1988.
- Critiques d'art en Suisse romande. De Töpffer à Budry (en collaboration avec Philippe Kaenel et al.), Lausanne, 1993.
- De l'archet au pinceau, rencontres entre musique et arts visuels en Suisse romande (en collaboration avec Sylvie Wuhrmann), Lausanne, 1996.
- Dictionnaire européen des Lumières, Presses Universitaires de France, 1997, ouvrage dans lequel Philippe Junod a été chargé des parties Beaux-Arts et Musique.
En dehors de ces ouvrages, le professeur Philippe Junod est l'auteur de très nombreux articles consacrés entre autres à Piranèse, Hubert Robert, Gustave Doré, Charles Meryon, Cézanne, à l'histoire de la critique et des théories de l'art (Diderot, Goethe, Fiedler, Focillon, Breton), à la théorie des couleurs et aux synesthésies, à l'histoire des jardins, ainsi qu'à des questions d'iconographie (iconographie de l'artiste, du temps, des ruines etc.).