Sebastian Soyk a obtenu son doctorat en 2013 à l'ETH Zürich après avoir réalisé sa thèse de doctorat dans le groupe du Dr Samuel Zeeman à l'Institut des sciences agricoles. Il est ensuite devenu boursier post-doctoral de l'Organisation européenne de biologie moléculaire au Cold Spring Harbor Laboratory dans le groupe de Zachary Lippman. En août 2019, il a rejoint le Centre de génomique intégrative de l'Université de Lausanne en tant que professeur assistant du Fonds national suisse de la recherche scientifique, soutenu par un European Research Council Starting Grant. Il a rejoint le département de biologie moléculaire des plantes en février 2023 en tant que professeur assistant tenure track.
Développement, cellules souches, domestication, édition génomique, tomate
Recherche
Nos recherches visent à comprendre les mécanismes génétiques qui régulent la floraison et la production de fleurs chez les plantes, et les processus de développement sous-jacents qui ont été façonnés au cours de la domestication et de la sélection des cultures. Plus précisément, nous étudions le développement des inflorescences, les pousses porteuses de fleurs, qui apparaissent lorsque de petits groupes de cellules souches pluripotentes situés aux extrémités de la zone de croissance cessent la production d'organes végétatifs et passent à la croissance reproductive. Le rythme de transition et de différenciation des cellules souches équilibre finement la croissance végétative et reproductive pour optimiser la production de fleurs, de fruits et de graines. De nombreux gènes et variantes de gènes qui affectent le développement des cellules souches ont été des cibles de sélection pendant la domestication et ont un potentiel pour l'amélioration des cultures. Cependant, leurs effets diffèrent souvent lorsqu'ils sont introduits dans des fonds génétiques disparates en raison d'interactions avec des modificateurs génétiques. Nous utilisons des approches de génétique moléculaire, de génomique et de biochimie pour révéler et disséquer les voies de signalisation et les interactions génétiques qui régulent le développement des cellules souches dans la culture modèle de la tomate, et faire progresser notre capacité à régler avec précision l'architecture des pousses et des inflorescences pour optimiser les rendements de la tomate et d'autres cultures.
Publications les plus représentatives
Alonge, M., Lebeigle, L., Kirsche, M., Aganezov, S., Wang, X., Lippman, Z.B., Schatz, M.C.+, Soyk, S.+ (2022). Automated assembly scaffolding using RagTag elevates a new tomato system for high-throughput genome editing. Genome Biology 23, 258. https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7
Gaarslev, N., Swinnen, Soyk, S. (2021). Meristem transitions and plant architecture - learning from domestication for crop breeding. Plant Physiology 187(3):1045-1056. https://doi.org/10.1093/plphys/kiab388
Soyk, S.*, Lemmon, Z.H.*, Oved, M., Fisher, J., Liberatore, K.L., Park, S., Pistunov, A., Zemach, I., Jiang, K., Ramos, A., Van Eck, J., van der Knaap, E., Zamir, D., Eshed, Y., and Lippman, Z.B. (2017). Bypassing negative epistasis on yield in tomato imposed by a domestication gene. Cell 169(6): 1142-1155. http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2017.04.032
Soyk, S., Muller, N.A., Park, S.J., Schmalenbach, I., Jiang, K., Hayama, R., Zhang, L., Van Eck, J., Jimenez-Gomez, J.M., and Lippman, Z.B. (2017). Variation in the flowering gene SELF PRUNING 5G promotes day-neutrality and early yield in tomato. Nature Genetics 49, 162–168. http://dx.doi.org/10.1038/ng.3733
+corresponding author
*equally contributing author
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Natalia González Gaarslev - Etudiante PhD Natalia a obtenu son Bachelor en biologie à l'Universidad Complutense de Madrid (UCM) en 2017. Elle s'est inscrite à un programme d'échange à Högskolan i Gävle (HiG) pour étudier l'écologie nordique. Pendant la dernière année de son Bachelor, elle a développé un fort intérêt vers les domaines de la génétique et de la biologie moléculaire. En combinant sa passion de toujours pour les plantes avec ces deux domaines, Natalia a changé de vitesse et s'est inscrite à un programme de Master conjoint en génétique et en science moléculaire des plantes à l'Université d'Uppsala (UU), à l'Université de Stockholm (SU) et à la Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU). Au cours de son travail de thèse de Master, elle a développé des compétences en génomique et en biologie évolutive. Après avoir obtenu son diplôme en juillet 2019, Natalia a rejoint le Soyk Lab en tant que doctorante en 2020. Elle vise à identifier les gènes qui façonnent l'architecture des inflorescences chez la tomate en étudiant la variation génétique naturelle et la dynamique de l'expression génétique.
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Gwen Swinnen - Post-doctorante Gwen a obtenu son Bachelor et son Master en biochimie et biotechnologie à l'université de Gand. Pendant sa thèse de Master, elle a étudié comment augmenter l'activité d'un facteur de transcription lié au jasmonate pour stimuler la production de métabolites spécialisés, sous la supervision du professeur Alain Goossens et du Dr Laurens Pauwels. Elle est restée pour sa thèse de doctorat, au cours de laquelle elle a examiné le contrôle transcriptionnel du métabolisme des glycoalcaloïdes stéroïdiens lié au jasmonate et de la taille des organes chez la tomate. Gwen a rejoint le laboratoire Soyk en juillet 2020, où elle vise à étudier les interactions génétiques qui affectent l'architecture des inflorescences de la tomate et à définir les principes moléculaires qui les sous-tendent.
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Anna Glaus - Etudiante PhD Anna a obtenu son Bachelor en biologie cellulaire en 2019 à l'Université de Berne, où elle a étudié les virus du complexe respiratoire chez les bovins suisses. Pour son Master, elle a décidé de poursuivre son intérêt pour la bioingénierie végétale, en rejoignant le groupe du Prof. Dr Beat Keller à l'Université de Zurich pour un programme de Master en sciences végétales. Elle a rédigé sa thèse sur le thème de la génération et du criblage de plants de riz transgéniques pour une meilleure résistance à la pyriculariose du riz, sous la supervision du Dr Julian Greenwood. En octobre 2021, elle a rejoint le laboratoire Soyk en tant que doctorante. Elle y étudie le rôle des facteurs de transcription dans la régulation de l'architecture des plantes chez la tomate.
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Leana Keel - Etudiante Bachelor, aide Leana est étudiante en troisième année de bachelor en biologie à l'UNIL. Depuis décembre 2022, elle aide le laboratoire à transférer les cultures de tissus, à extraire les graines et à prendre soin des plantes dans la serre. |
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Talia Stupp - Etudiante Bachelor, aide Talia est étudiante en troisième année de bachelor en biologie à l'UNIL. Elle a intégré le laboratoire en juin 2023 et soutient le groupe en extrayant des graines, en transférant des explants en culture de tissus et en s'occupant des plantes dans la serre. |
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Miguel Loera-Sánchez - Post-doctorant Miguel a obtenu son bachelor en biotechnologie génomique à l'université autonome de Nuevo León (Mexique) en 2013. Après avoir passé une année d'échange à l'université de Göttingen (Allemagne) pendant ses études de bachelor, il y est retourné et a obtenu son master en microbiologie et biochimie en 2015. En 2016, il a rejoint le groupe du professeur Bruno Studer à l'ETH Zurich. Il y a appliqué de multiples approches de génomique et de séquençage ciblé pour développer une méthode d'évaluation de la diversité génétique dans plusieurs espèces de prairies. Il a obtenu son doctorat en 2021 et est resté chercheur postdoctoral dans le même groupe jusqu'en 2023. Il a rejoint le laboratoire Soyk en juillet 2023, où il vise à déchiffrer comment la domestication a affecté les éléments cis-régulateurs des gènes qui influencent l'architecture des plantes.
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Stéphanie Stolz - Technicienne Stéphanie a obtenu son Master en biologie à l'UNIL dans les années 1990. Elle a ensuite travaillé comme collaboratrice scientifique à Agroscope à Changins où elle a appliqué des approches moléculaires pour analyser les activités antifongiques des thionines foliaires dans des plants de pommes de terre transgéniques. En 1997, Stéphanie a rejoint le groupe du Prof. Ted Farmer au DBMV où elle a travaillé sur des projets liés à la défense des plantes. Elle a soutenu le groupe en tant que technicienne de laboratoire pendant plus de 20 ans et a collaboré avec de nombreux scientifiques du monde entier. Stéphanie a rejoint le laboratoire Soyk en août 2023 et soutient le groupe avec son expertise en biologie moléculaire et continue à apprécier l'atmosphère agréable du DBMV. |
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Au cours de son Bachelor à l'Université de Milan (Italie), Elia a étudié l'impact des pratiques d'agriculture de conservation sur la fertilité des sols, les émissions et le rendement des plantes. Il a ensuite obtenu un Master en biotechnologie végétale dans le groupe de Martin Kater, en se concentrant sur les facteurs de transcription MADS-box régulant le développement floral du riz. Il y a ensuite obtenu son Doctorat en 2018, travaillant sur l'édition du génome et les protocoles de transformation pour améliorer les performances de la culture orpheline Oryza glaberrima (riz africain) en modifiant l'architecture de l'inflorescence, ce qui a suscité un intérêt pour l'évolution et la sélection des cultures. Ensuite, pendant son Postdoc dans le groupe d'Alain Goossens au VIB (Gent, Belgique), Elia a identifié et caractérisé de nouvelles enzymes biosynthétiques améliorant la production de saponines triterpénoïdes complexes à partir de plantes médicinales non conventionnelles, avec des applications significatives en thérapie génique. Au début de l'année 2024, Elia a rejoint le laboratoire Soyk. Il étudie comment la domestication et la sélection ont affecté la base génétique et les interactions dans la tomate ayant un impact sur l'architecture et le rendement des méristèmes reproducteurs. |
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Ying a obtenu son Bachelor en horticulture à l'Université d'agriculture du Henan en 2015. Elle a ensuite poursuivi son Master à l'université de Zhejiang, en se concentrant sur le silençage transcriptionnel des gènes induit par la greffe dans la sélection des poires. Sa fascination pour le transport moléculaire intracellulaire l'a amenée à rejoindre le groupe de recherche de Friedrich Kragler à l'Institut Max Planck de physiologie moléculaire des plantes. Elle y a étudié la manière dont la modification m5C régule le déplacement des ARNm sur de longues distances via les tissus vasculaires et sa modulation par les changements de stade de développement. Elle a obtenu son doctorat en novembre 2022 et est restée chercheuse postdoctorale dans le même groupe jusqu'en août 2023. Elle a rejoint le laboratoire Soyk en mars 2024, où elle a pour objectif d'étudier comment la variation des éléments cis-régulateurs affecte l'architecture végétale chez la tomate. |
Anciens membres
Antoine Chatillon - étudiant en Bachelor, aide
Ludivine Lebeigle - technicienne
Varjany Vashanthakumar - étudiant, maintenant étudiant en Master à l' Université de Berne
Estelle Vivien - étudiant de Master
Stéphanie Afonso - étudiant de Master en visite, maintenant étudiant PhD à INRAE Versailles
Louis Currat - apprenti technicien, maintenant apprenti technicien à l'UNIL
Marion Brechet - maintenant étudiant PhD, Group Reymond au DBMV, Université de Lausanne
Giti Ghazi Soltani - maintenant au CHUV
Genschere: Der grosse Streit um kleine Schnitte (Neue Zürcher Zeitung)
Dialog Grün: De-novo-Domestikation: Erforschung und Erschliessung pflanzengenetischer Ressourcen (ETH Zürich)
Post-docs et étudiants PhD
Nous sommes toujours heureux de recevoir des candidatures d'étudiants et de postdocs motivés et talentueux, qui souhaitent rejoindre le laboratoire. Veuillez envoyer une lettre de motivation en anglais décrivant votre désir de rejoindre le laboratoire et un CV comprenant une liste de publications dans un seul fichier PDF à Sebastian Soyk. Bien qu'un financement interne puisse être disponible, tous les candidats retenus seront fortement encouragés à solliciter des sources de financement externes.
Etudiants en Master
Le laboratoire Soyk propose des projets de first step et des projets de thèse de Master aux étudiants du programme de Master of Science in Molecular Life Sciences de l'UNIL. Veuillez contacter directement Sebastian Soyk pour plus de détails.
Undergraduate students
Le laboratoire Soyk participe au programme Summer Undergraduate Research (SUR) à l'UNIL et il peut y avoir d'autres opportunités pendant le reste de l'année. Veuillez contacter directement Sebastian Soyk pour plus de détails.
