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Cancer : Extension des cibles pour le système immunitaire
Le système immunitaire est capable de reconnaître et d’éliminer les cellules infectées par des virus et, dans certains cas, les cellules cancéreuses.
Pour qu’une telle reconnaissance ait lieu, il est nécessaire que des bouts de protéines - des peptides comme les appellent les scientifiques - que l’on trouve uniquement dans les cellules malades soient présentés à la surface de ces cellules. Les protéines HLA-I (pour Human Leukocyte Antigens class I) qui se chargent de la présentation de ces peptides ont été étudiées depuis de nombreuses années. Ces études avaient notamment abouti à la conclusion que, pour se lier aux HLA-I, les deux extrémités des peptides sont importantes. C’est ce qu’on appelle en immunologie, le « confinement des ligands des HLA-I », et tous les biologistes ont étudié ce concept durant leurs études.
Récemment, une équipe dirigée par le Prof. David Gfeller du Département d’oncologie UNIL CHUV et de la branche lausannoise du Ludwig Institute for Cancer Research a démontré qu’un nombre conséquent de HLA-I peuvent se lier à des peptides qui se prolongent au-delà de la limite communément admise en immunologie.
Cette découverte, publiée dans la revue PNAS, a pu avoir lieu grâce à l’analyse bioinformatique de données de spectrométrie de masse générées par la Dr. Michal Bassani-Sternberg, cheffe de l’unité Immunopeptidomics, dans le groupe Human integrated tumor immunology discovery engine (Hi-TIDe) du Prof. George Coukos, chef du Département d’oncologie UNIL CHUV et directeur de la branche lausannoise du Ludwig. Au travers d’une collaboration avec une équipe de crystallographes de l’Université d’Oxford dirigée par le Prof. Filippakopoulos, les chercheurs ont pu comprendre quels sont les mécanismes moléculaires, jusque-là insoupçonnés, que ces peptides utilisent pour s’attacher sur les HLA-I. Finalement, grâce à l’aide d’immunologistes dans l’équipe du Prof. Daniel Speiser également du Département d’oncologie UNIL CHUV, ils ont réussi à démontrer que ces peptides peuvent être reconnus par les cellules immunitaires.
Pour que ces résultats soient utiles à l’ensemble de la communauté scientifique, l’équipe du Prof. Gfeller a alors entrepris de développer de nouvelles méthodes bioinformatiques qui permettent de prédire ces peptides avec une excellente précision. Ces prédictions ouvrent un nouveau champ de cibles potentielles pour l’immunothérapie et ces algorithmes sont actuellement utilisés au CHUV pour prédire quelles mutations observées dans les cancers pourraient induire une réponse immunitaire, avec l’espoir que l’on puisse un jour utiliser ces cibles par exemple pour des vaccins.