Les objectifs scientifiques de l'Observatoire concernent le développement de deux grands axes d'analyse sur lesquels s'appuyent les activités aussi bien de recherche, d'enseignement que de service:
1. l'analyse des politiques et organisations de l'enseignement supérieur et de la recherche (analyse des systèmes nationaux d'enseignement supérieur et de recherche, des organisations académiques et de recherche ou des populations de ces institutions);
2. l'analyse des relations Science-Société (attitudes du public vis-à-vis de la science, des techniques et des Hautes écoles et études sociales des sciences) qui influencent le fonctionnement et le développement des organisations universitaires et de recherche.
Ces axes d'analyse font l'objet d'investigations particulières pour mieux connaître l'organisation et le fonctionnement des organisations scientifiques et les différents "mondes" de la science. Nous nous efforçons d'explorer tout à la fois les mécanismes de gouvernance des hautes écoles et de la science en général, les structures des populations-clientes (étudiants, femmes, etc), les représentations de la science auprès de divers publics, les nouveaux acteurs et modes d'expertise face aux risques scientifiques et technologiques, les relations entre universités et entreprises sous l'angle de la valeur des diplômes et des processus d'interfaçage, etc. Ces travaux sont placés dans une triple perspective interdisciplinaire, comparative et prospective. En Suisse, on a en effet besoin de mieux connaître ce qui se passe à l'étranger et de se doter d'outils de détection des grandes tendances d'avenir susceptibles d'influencer les développements de la place scientifique suisse. Quel sera demain le rôle des universités dans la production, la gestion et la diffusion des savoirs? L'Observatoire s'efforce aussi de répondre à ces questions et de formuler des recommandations. Pour développer ces axes stratégiques, l'Observatoire est structuré en 4 unités de recherche (cf. organigramme) complétées par une unité d'enseignement en relation avec la formation postgrade et continue.