Les processus d’évaluation des CIR sont en accord avec les valeurs sous-jacentes à l’ensemble des processus du système d’assurance Qualité de l’UNIL et s’en inspirent. En raison du caractère évolutif et non pérenne des CIR, leur processus d’évaluation sont toutefois allégés en comparaison à ceux appliqués aux facultés, cursus et services.
Leur évaluation sera aussi constituée de différentes étapes (cf. schéma ci-dessous) parmi lesquelles figureront, dans l’ordre : l’auto-évaluation menée par la direction opérationnelle du Centre, l’évaluation externe comprenant une visite d’experts et un rapport d’expertise, ainsi qu’une réponse/prise de position écrite de la part de la Direction du Centre en réponse au rapport d’expertise.
Suite à cela, l'ensemble des documents issus de ces trois étapes sont transmis à la Commission d'expertise de la Recherche, la "CxR". Celle-ci va alors prendre connaissance du dossier d'évaluation puis transmettre un préavis à la Direction de l'UNIL. Cette dernière prend connaissance à son tour de l'intégralité du dossier d'évaluation, puis rencontre la Direction du CIR. C'est suite à la rencontre avec la Direction du CIR que la Direction de l'UNIL décide de renouveler ou non le mandat et le financement d'un Centre interdisciplinaire pour un nouveau cycle.