Les organes de l'Ecole lémanique des sciences de la Terre sont :
Le Comité de Direction.
La Direction de l'Ecole (directeur et vice-directeur).
Le Comité de direction est composé de six professeurs, désignés pour un mandat de quatre ans, renouvelable.
Le Comité nomme en son sein la Direction de l'Ecole.
Le directeur est choisi à tour de rôle parmi les membres de chacune des deux universités. Le vice-directeur est choisi parmi les membres de l'autre université.
Le mandat de la direction est de deux ans, renouvelable.
Depuis avril 2024, le comité de direction de l'ELSTE est composé de:
