La Direction de l’École de médecine est composée de trois personnes. Elle est scindée en une Direction académique et une Direction opérationnelle.
La Direction académique est composée d’un directeur et d’une vice-directrice académiques; tous deux sont choisis parmi les professeur·e·s ordinaires ou associé·e·s de la Faculté de biologie et de médecine.
La Direction académique est complétée par un vice-directeur opérationnel engagé par le Décanat. Il est chargé de la conduite opérationnelle de l’École et assure la gestion des ressources humaines et du budget.