Nicolas Salamin

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© Félix Imhof, UNIL

Version du 9 octobre 2019

Nicolas Salamin, professeur ordinaire

depuis le 1er août 2019

Spécialiste de biologie de l’évolution et de phylogénétique, Nicolas Salamin a été nommé professeur ordinaire de l’UNIL le 1er août 2019. Depuis 2017, il a pris les commandes du nouveau Département de biologie computationnelle (DBC) au sein de la Faculté de biologie et de médecine.

Dès son Master de biologie à Lausanne, Nicolas Salamin s’intéresse à la bioinformatique, qui apporte de nouveaux outils et ouvre un nouveau champ de questionnements en biologie de l’évolution. En 2002, il s’envole pour Dublin, où il a une première occasion d’appliquer les outils de la biologie computationnelle pour comprendre l’évolution de la diversité. Après sa thèse, il approfondit son expérience de ce domaine à Seattle avec Joseph Felsenstein, un des précurseurs de la phylogénétique. Une rencontre marquante.

De retour à Lausanne en 2005, Nicolas Salamin intègre le Département d’écologie et évolution. Dans ses recherches, il s’attelle à reconstituer les arbres phylogénétiques des espèces, qui lui servent de tremplins pour traiter toute une série de questions sur les processus évolutifs, sur les rythmes de spéciation et d’extinction notamment. Ces dernières années, il se penche plus précisément sur les mécanismes à l’œuvre dans des groupes d’espèces qui ont connu une très forte diversification et augmentation de leur nombre d’espèces pendant un laps de temps relativement court.

Il s’attelle par exemple à modéliser l’évolution des gesnériacées, plantes de la zone néotropicale qui se sont diversifiées en un millier d’espèces, s’adaptant au pas de charge à la transition d’un type de pollinisateur à un autre, des insectes aux colibris, et retour. Ou encore aux poissons-clowns, qui ont connu une forte radiation, c’est-à-dire une explosion d’espèces en un laps de temps très court : Nicolas Salamin et son équipe cherchent à comprendre et à modéliser comment se déroulent les processus d’adaptation et d’augmentation du nombre d’espèces au cours du temps.

En termes de méthodologie, il s’agit de développer des modèles complexes intégrant plusieurs types de données, écologiques, morphologiques et génomiques, impliquées dans ces processus d’adaptation et de différenciation. Ce qui implique de développer des algorithmes optimisés, capables de traiter d’énormes quantités de données de manière rapide et fiable.

En plus des différents objets d’études, «il y a donc aussi un important travail sur les outils informatiques et les modèles mathématiques», confie le scientifique, qui a pris en 2017 les rênes du nouveau Département de biologie computationnelle. Cette création souligne l’importance grandissante de la bioinformatique et des approches computationnelles au sein de la FBM, qui permettent la modélisation de systèmes complexes, allant du génome à la cellule et aux populations.

Bio express

1974 Naissance en Suisse
1999 Master de biologie, UNIL
2002 PhD, «Bioinformatics of the grass family», Trinity College, Université de Dublin, Irlande
2002-2004 Post-doctorat dans le laboratoire de Joseph Felsenstein, Department of Genome Sciences, Université de Washington, Etats-Unis
2004-2005 Post-doctorat, Botany Department, Trinity College, Dublin et Royal Botanic Gardens, Kew, London
2005 Premier assistant, puis Maître assistant (2008) et Professeur assistant Tenure Track (2012), Département d’écologie et évolution (DEE), UNIL
2008 Chef de groupe, Swiss Institute of Bioinformatics
dès 2016 Professeur associé, DBC, UNIL
Président du comité de direction, Center for Advanced Modelling of Science (CADMOS)
dès 2017 Directeur du DBC
dès 2019 Professeur ordinaire, DBC, UNIL

Par: Nicolas Berlie/Communication FBM

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Version du 30 août 2016

Nicolas Salamin, professeur associé

Biologiste de formation, Nicolas Salamin concentre sa recherche sur la phylogénie, l’évolution et la biologie computationnelle. Chef du groupe Phylogénie computationnelle au SIB Institut suisse de bioinformatique, il occupe une chaire CADMOS (Center for Advanced Modeling of Science) au sein du Département d’écologie et d’évolution (DEE) de l’UNIL depuis 2012. Il a été titularisé professeur associé à la Faculté de biologie et de médecine de l’UNIL dès le 1er août 2016.

La phylogénie et la biologie computationnelle sont au cœur de l’activité́ de recherche de Nicolas Salamin. Le professeur s’intéresse notamment à la reconstruction des arbres phylogéniques grâce au développement de nouveaux modèles mathématiques et de programmes informatiques permettant l'analyse de larges jeux de données sur des serveurs de calcul à haute performance.

Le scientifique cherche aussi à décrypter comment les espèces ont évolué dans le temps et dans l’espace en estimant la vitesse de spéciation et d’extinction et en modélisant les facteurs écologiques, génomiques et morphologiques impliqués dans ces processus. Le groupe de recherche de Nicolas Salamin utilise pour cela plusieurs groupes d'organismes comme les plantes néotropicales ou les poissons clown. Son troisième axe de recherche concerne le développement de méthodes permettant d’estimer les pressions de sélection exercées sur les gènes durant leur évolution et de modéliser le lien existant entre l’évolution des séquences d’ADN et des phénotypes.

Les travaux du chercheur ont été récompensés par le Prix Ernst Mayr de la Society for Systemic Biologists (2003) et le Basic Life science Research Award de la FBM/UNIL (2010). Nicolas Salamin a publié une centaine d’articles dans des revues scientifiques de référence, telles que :

  • Nature (2006, 2012),
  • Science (2010),
  • Proceedings of the National Academy of Sciences (2006, 2015).

Le jeune professeur est également membre de plusieurs sociétés savantes, dont la European Society for Evolutionary Biology et la Society for Systematic Biology. Il est par ailleurs très impliqué dans l’enseignement pré- et post-gradué et a dirigé plusieurs étudiants en Master et doctorants.

Par: Caroline Ronzaud/Communication FBM

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Version du 31 août 2012

Nicolas Salamin, professeur assistant en prétitularisation conditionnelle

Nicolas Salamin, spécialiste de la phylogénétique et de la biologie computationnelle, a été nommé professeur assistant en prétitularisation conditionnelle au Département d’écologie et évolution de l’UNIL dès le 1er avril 2012.

Né en 1974, de nationalité suisse, Nicolas Salamin débute son parcours académique à l’Université de Lausanne, qu’il ponctue par un Bachelor puis un Master en biologie. En 1999, il s’exile outre-Manche pour entamer sa voie doctorale, aux Jardins botaniques royaux de Kew, proches de Londres, et au Trinity College de l’Université de Dublin (Irlande), qu’il parachève par une thèse, en 2002. L’année suivante, il rejoint en tant que chercheur le Département des sciences du génome de l’Université de Washington à Seattle (Etats-Unis), avant de retourner à l’Université de Dublin.

En 2005, il devient premier assistant et chef de groupe junior au sein du Département d’écologie et évolution de l’UNIL, avant de cumuler les titres de maître assistant et de chef de groupe dans la même unité, ainsi que la fonction de chef de groupe associé de phylogénétique computationnelle à l’Institut suisse de bioinformatique. C’est dans ce contexte qu’est intervenue sa nomination récente en tant que professeur assistant en prétitularisation conditionnelle.

Le domaine d’expertise de Nicolas Salamin se situe à la confluence de la biologie et de la bioinformatique. Le scientifique s’intéresse à la biologie de l’évolution des espèces (phylogénie, génétique des populations), l’évolution moléculaire des plantes et les mathématiques de l’évolution. Il a étudié en particulier les aspects théoriques de la reconstruction de l’arbre phylogénétique – le schéma directeur établissant les relations de parenté et les liens de descendance entre représentants d’espèces - et les applications des modèles d’évolution pour l’étude des modifications morphologiques et moléculaires des différents organismes dans le temps.

Le biologiste utilise à cette fin différents outils, dont la bioinformatique. Il développe ainsi des algorithmes susceptibles de créer des arbres phylogénétiques complets intégrants de larges séquences d’ADN, et recourt aux supercalculateurs et aux données moléculaires fournies par le séquençage pour reconstruire les ramifications jusqu’ici manquantes montrant les éventuels transferts horizontaux ou recombinaisons entre espèces.

Le chercheur étudie également de nouvelles approches au niveau de l’évolution moléculaire, par exemple en regardant comment certains gènes candidats influencent le développement des espèces – animales ou végétales - sur la durée. Grâce aux données obtenues par séquençage sur des populations vivantes, Nicolas Salamin espère ainsi améliorer les arbres phylogénétiques existants et rendre ces derniers utiles également dans des modèles macroévolutionaristes.

Par: Pascal Vermot/Communication FBM

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