Outre des échantillons de roches, le Département de géologie archive de nombreux documents qui se subdivisent en:
- Archives pétrolières vaudoises: dont le Muséum est le dépositaire légal.
- Archives scientifiques: manuscrits, carnets de terrain, rapports inédits, etc.
- Archives administratives: catalogues, rapports d'activités, expositions, etc.
Une partie de ces archives à été transférée aux Archives cantonales vaudoises.
Les photographies et autres supports iconographiques sont conservés dans notre médiathèque.
Le Département de géologie ne conserve en principe pas les documents officiellement publiés (articles scientifiques, livres, etc.) qui sont remis à la bibliothèque des sciences de la Terre.