Les royaumes de l'Europe du sud empêchèrent toute diffusion des idées protestantes. L'Espagne et le Portugal, tous deux enrichis par leur expansion coloniale, et l'Italie dominée par les Etats Pontificaux affermirent le catholicisme par des mesures préventives et répressives: l'Inquisition, la censure, jusqu'aux bûchers où l'on brûla non seulement des livres, mais aussi des "hérétiques". La France fut déchirée par les guerres religieuses, que doublèrent souvent des rivalités politiques. La maison royale, au temps des Valois, dès le règne de François 1er (long règne: 1515-1547) soutint le parti catholique. Henri IV, roi de Navarre, fils d'un Bourbon, fut d'abord le protecteur des huguenots, puis abjura pour devenir roi de France; il fut sacré roi à Saint-Denis en 1593.
La Réforme obligea l'Eglise catholique à se redéfinir en profondeur. Ce fut le rôle du Concile de Trente (1545-1563), auquel participa toute l'Eglise. La doctrine fut raffermie, axée sur la restauration de l'autorité, sur des positions frontalement anti-protestantes, voire anti-humanistes. La transmission de la foi et l'interprétation des textes restaient réservées au clergé, la Tradition était maintenue contre la liberté individuelle. Cependant, la question moderne du contrôle de l'information (posée par l'imprimerie et la circulation multipliée des hommes et des choses) ne pouvait être résolue par la seule répression. L'Eglise romaine conçut un catéchisme pour les fidèles et un bréviaire pour les prêtres; elle stimula la dévotion populaire dans la liturgie et la prière; elle favorisa la création de collèges, de séminaires et d'universités. Une campagne de construction d'églises et de monastères sema dans l'Europe entière et durant plus d'un siècle des monuments dont l'architecture s'inspirait d'une esthétique baroque. L'image et toutes les formes de la représentation figurée jouaient un rôle central dans la recherche d'une spiritualité plus intense, jusqu'à la mystique. Une pédagogie nouvelle fut développée, sous la responsabilité des ordres religieux. Ceux-ci connurent un développement extraordinaire: la Compagnie de Jésus, les Capucins, les congrégations féminines jouèrent un rôle capital dans la catholicité nouvelle, qui devint planétaire par l'expansion des missions.
On ne saurait exagérer l'importance de l'Eglise et de la religion dans la France d'Ancien Régime, dans la vie quotidienne comme pour la culture lettrée. La querelle du jansénisme occupe tout le siècle, jusqu'à la destruction de Port-Royal-des-Champs ordonnée par Louis XIV en 1710. Les Jésuites produisent une littérature abondante, et très lue, notamment dans le domaine scientifique et dans les récits de mission. Depuis la fin du XVIe siècle et durant tout le XVIIe, la foi catholique inspire des oeuvres de valeur dans la prédication et la méditation (François de Sales, Bossuet, Pascal), mais aussi dans la poésie et le théâtre. Les grands auteurs dramatiques, Corneille, Rotrou, Racine, écrivent des pièces religieuses. Si la poésie religieuse, essentiellement baroque, a été oubliée à partir du XVIIIe siècle, on en redécouvre aujourd'hui l'intérêt.
