Version du 31 juillet 2012
Sven Bergmann, professeur associé
Physicien, expert en biologie computationnelle, Sven Bergmann est un spécialiste des études génétiques de cohortes et de la modélisation de systèmes biologiques. Chef de groupe à l'Institut suisse de bioinformatique (SIB), il a été titularisé professeur associé au Département de génétique médicale de la Faculté de biologie et de médecine de l'UNIL dès le 1er août 2010.
Né en 1971 et de nationalité allemande, Sven Bergmann effectue une formation en sciences physiques à l'Université de Köln (Allemagne) et à l'Université de Tel-Aviv (Israël). En 1994, il rejoint le groupe du prof. Yosef Nir au Département de physique des particules du Weizmann Institute of Science en Israël, pour y réaliser un master, puis une thèse (2001) en théorie élémentaire des particules. Il opère ensuite une conversion vers la biologie lors d'un séjour post-doctoral dans le groupe de la Prof. Naama Barkai dans le Département de génétique moléculaire du Weizmann Institute. Il y développe avec succès un algorithme pour l'analyse de métabases de données d'expression de gènes provenant de différentes sources.
En 2005, il est recruté par l'Université de Lausanne en tant que professeur assistant en prétitularisation conditionnelle au Département de génétique médicale où il prend la tête du groupe de recherche en biologie computationnelle. Il est affilié dès l'année suivante à l'Institut suisse de bioinformatique (SIB). Récipiendaire du le Prix Leenaards de la recherche scientifique en 2008, il est titularisé professeur associé de l'UNIL en août 2010.
Les recherches de Sven Bergmann se regroupent sous deux grands axes de la biologie computationnelle: l'analyse à grande échelle de données biologiques (Large Scale Analysis of biological data) et la modélisation de données biologiques (Biological Systems Modeling).
Depuis son arrivée à l'UNIL, le chercheur a signé plusieurs succès scientifiques. Il a ainsi pu mettre en évidence une correspondance entre les distances génétiques et les distances géographiques des populations à partir des données obtenues dans le cadre de la cohorte lausannoise (CoLaus). Il a également contribué aux nombreuses études d'association à l'échelle du génome entier dans CoLaus et au sein d'autres cohortes de patients, dans le but de trouver de nouveaux gènes associés à un risque plus élevé pour diverses maladies. Son groupe a aussi développé un algorithme robuste qui extrait et révèle par l'analyse computationnelle les relations cachées entre certains groupes de gènes et certains groupes de substances chimiques. Appliqué à de gigantesques banques de données dans le domaine du cancer, l'outil algorithmique pointe les liens gènes-médicaments potentiellement intéressants et permet d'orienter efficacement la recherche médicale.
Le groupe de Sven Bergmann s'intéresse également à la modélisation de systèmes biologiques. Dans ce cadre, le chercheur a été amené à formuler des hypothèses originales et à contre-courant de certains dogmes bien établis. Il a notamment étudié le développement de la mouche drosophile, en s'attachant aux mécanismes permettant la segmentation de l'embryon, par exemple. Dans le cadre de l'initiative nationale SystemsX.ch, il a étudié les processus suivis par un ensemble des cellules pour créer un nouvel organe - une aile en l'occurrence - de manière coordonnée et proportionnée. Ce type de travaux, faisant le lien entre modélisation et recherche expérimentale, devrait permettre de mieux appréhender le fonctionnement de certaines maladies comme le cancer et servir de base pour l'élaboration de tissus artificiels.
Mise à jour 2016: Le Département de génétique médicale est devenu le Département de biologie computationnelle.
Par: Pascal Vermot/Communication FBM
