Giovanni Ciriello

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Version du 19 novembre 2015, mise à jour le 12 août 2020

Giovanni Ciriello, professeur associé

depuis le 1^er août 2019 – Département de biologie computationnelle

Spécialiste en biologie computationnelle et génomique du cancer, Giovanni Ciriello explore comment développer une compréhension systémique des modifications génétiques et épigénétiques dans le domaine de l’oncologie dans un but thérapeutique. Il a été nommé professeur associé au Département de biologie computationnelle de l’UNIL dès le 1^er août 2019.

Né en 1980 et de nationalité italienne, Giovanni Ciriello étudie la science et l’ingénierie computationnelles à l’Université de Padoue en Italie (2005). Il effectue ensuite son doctorat sous la direction du Prof. Concettina Guerra, d’abord à l’Université de Padoue puis au College of Computing du Georgia Institute of Technology d’Atlanta aux États-Unis (2009). C’est là qu’il commence à travailler dans le domaine de la bioinformatique: il développe des algorithmes pour identifier des motifs récurrents au sein d’ARN ribosomaux et des sites d’interaction entre ARN et protéines, et entre les protéines elles-mêmes.

En 2010, Giovanni Ciriello rejoint le laboratoire du Prof. Chris Sander au Memorial Sloan Kettering Cancer Center à New York, où il met en place de nouvelles méthodes computationnelles pour l’analyse à grande échelle de données oncogénomiques. Plus particulièrement, le jeune chercheur explore les profils mutuellement exclusifs (c’est-à-dire qui ne coexistent jamais au sein d’un même type de tumeur) de mutations oncogéniques récurrentes. Il étudie également comment utiliser ces altérations récurrentes pour identifier des sous-populations de tumeurs, indépendantes du tissu et qui pourraient bénéficier d’un même traitement. Par ailleurs, Giovanni Ciriello a contribué à plusieurs projets menés dans le cadre du réseau de recherche The Cancer Genome Atlas (TCGA), dont il fait partie.

En avril 2015, Giovanni Ciriello est nommé professeur assistant en prétitularisation conditionnelle au Département de génétique médicale de l’UNIL (rebaptisé Département de biologie computationnelle dès 2016). Il y est nommé professeur associé dès le 1^er août 2019.

Depuis son arrivée à Lausanne en 2015, Giovanni Ciriello poursuit ses travaux de recherche dans le domaine de l’oncogénétique et de l’oncogénomique. En analysant de manière systématique les signatures moléculaires spécifiques de sous-classes de tumeurs, il prédit les conséquences de ces signatures au niveau fonctionnel et cellulaire, étudie leurs interdépendances et explore leurs implications thérapeutiques, telles que leur réponse aux traitements.

Dans ce cadre, le premier axe de recherche du scientifique consiste à concevoir de nouvelles approches computationnelles pour intégrer et analyser les différents types de modifications moléculaires et comprendre comment ils coopèrent dans la tumeur. Le professeur a également mis en place des méthodes d’analyse systématique et compréhensive de grandes quantités de données génomiques dans le but d’explorer l’origine des cancers et leur progression. Enfin, Giovanni Ciriello a aussi développé une approche translationnelle en collaborant avec des laboratoires spécialisés en génétique et oncologie afin de tester et valider ses hypothèses. L’étude des interdépendances entre mutations a ouvert la voie à de nouvelles approches pour prédire la meilleure thérapie basée sur la combinaison d'altérations au sein d'une tumeur.

Le travail de Giovanni Ciriello est soutenu par le Fond national suisse pour la recherche scientifique (FNS), la Ligue suisse contre le cancer, et d'autres fondations privées. Le chercheur a également publié plusieurs articles dans des revues scientifiques de référence telles que:

• Nature Genetics (2013, 2019, 2020),
• Cell (2015, 2018),
• Cancer Cell (2017).

Giovanni Ciriello est par ailleurs très impliqué dans l’enseignement : il donne des cours en sciences computationnelles à l’Université de Lausanne aux étudiants du Bachelor en biologie et du Master en sciences moléculaires du vivant. Il a également supervisé des étudiants en Master ainsi que des doctorants à l’UNIL et l’EPFL.

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