Vincent Zoete

© Félix Imhof, UNIL

Version du 12 avril 2017, mise à jour le 24 août 2022

Vincent Zoete, professeur associé

Spécialiste en modélisation moléculaire et en bioinformatique, Vincent Zoete s’intéresse tout particulièrement à la conception de médicaments et à l’ingénierie des protéines assistées par ordinateur, ainsi qu’à la médecine personnalisée en oncologie. Il a été nommé professeur associé au Département d’oncologie fondamentale de l’UNIL dès le 1^er août 2022.

Les progrès technologiques, notamment les méthodes de criblage à haut-débit, génèrent d’énormes quantités de données. La biologie computationnelle est donc devenue incontournable pour traiter ces données. Elle facilite également le travail de recherche des clinicien·ne·s, en particulier pour le diagnostic et la médecine personnalisée en oncologie. Dans ce contexte, Vincent Zoete s’intéresse à l’immunothérapie et à la thérapie ciblée du cancer. Il a contribué à mettre en place des outils de modélisation moléculaire qui ont permis de produire des inhibiteurs de l’indoléamine 2,3-dioxygénase¹, mais aussi des récepteurs avec une plus grande affinité pour les cellules T² et ciblant les antigènes du mélanome. Il a aussi joué un rôle important dans la création du site Swiss-PO.ch qui a pour objectif d’aider à prédire l'impact potentiel de mutations inconnues détectées dans les cellules cancéreuses. Les approches de modélisation connexes à ce site sont utilisées de façon hebdomadaire dans le contexte du Tumor board moléculaire du Réseau romand d’oncologie. Le professeur développe maintenant différentes approches d’immuno-informatique pour estimer la similarité moléculaire entre protéines, comme les récepteurs de cellules T, avec application pratique en immunologie du cancer. Par ailleurs, il a développé, dans le groupe de modélisation moléculaire de l’Institut suisse de bioinformatique (SIB), plusieurs outils computationnels innovants pour la conception de médicaments, tels que SwissDock.ch qui permet de prédire le mode de liaison d’un ligand sur sa cible, SwissBioisostere.ch, la seule base de données regroupant 25 millions de remplacements moléculaires expérimentalement testés, SwissTargetPrediction.ch pour la prédiction des cibles potentielles de petites molécules bioactives, SwissSidechains.ch pour le «design» de protéines et de peptides, SwissSimilarity.ch pour le screening virtuel et SwissADME.ch, le seul outil en ligne capable d’estimer les propriétés physico-chimiques, pharmacocinétiques, de ressemblance à un médicament ou de toxicité d’une molécule. Ces outils en libre accès sont aujourd’hui couramment utilisés par de nombreux scientifiques et bénéficient d’une renommée internationale dans le domaine.

En parallèle de ses activités de recherche, Vincent Zoete codirige l’Unité de modélisation des protéines (PMU) de l’UNIL, qui a déjà mené plus de 150 projets de recherche en collaboration avec une cinquantaine de groupes académiques, cliniques et privés de la région lémanique. Convaincu du potentiel de la modélisation moléculaire en médecine personnalisée, par exemple dans le cadre de résistance à certaines thérapies et en vue de trouver le traitement le mieux adapté à chaque patient·e, sa vision s’inscrit parfaitement dans le projet de développement de l'oncologie dans la région.

L’expertise de Vincent Zoete est reconnue au niveau international et a été récompensée par plusieurs financements, notamment du Centre national pour la recherche scientifique (CNRS), de la Commission pour la technologie et l’innovation (CTI), de l’Agence suisse pour l’encouragement de l’innovation (InnoSuisse), du Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNS) et du secteur privé. Il est l’auteur de chapitres de livres et de plus d’une centaine de publications dans des revues scientifiques de référence, dont Journal of Computational Chemistry, Bioinformatics, Front Immunology, Journal of Medical Chemistry, European Jounal of Medicinal Chemistry, IJMS, Journal of Enzyme Inhibition And Medicinal Chemistry, npj Precision Oncology et Nucleic Acids Research. Il est également très impliqué dans l’enseignement pré- et post-gradué et a supervisé plusieurs étudiant·e·s en master et doctorant·e·s.

¹Indolamine 2,3-deshydrogénase (IDO): Enzyme intracellulaire exerçant un effet immunodépressif, permettant aux tumeurs d’échapper au système immunitaire. L’IDO est donc une cible de l’immunothérapie.
²Cellules T ou lymphocytes T: Catégorie de leucocytes jouant un grand rôle dans la réponse immunitaire adaptative. La lettre «T» provient de thymus, organe où le développement de ces cellules s’achève.

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