Christophe Dessimoz

© Félix Imhof, UNIL

Version du 9 octobre 2015, mise à jour le 3 janvier 2023

Christophe Dessimoz, professeur associé

Biologiste et informaticien de formation, Christophe Dessimoz est un spécialiste de génomique comparative. Il s’intéresse à l’histoire phylogénétique des espèces et cherche à comprendre les relations évolutives et fonctionnelles entre les gènes, les génomes et les espèces. Il mène des travaux sur des sujets aussi divers que les céréales, le furet et les vers marins. Le scientifique a été nommé professeur associé au sein du Département de biologie computationnelle dès le 1^er août 2021 et dirige l’Institut suisse de bioinformatique (SIB) depuis le 1^er avril 2022.

Né en 1980 et de nationalité suisse, Christophe Dessimoz étudie la biologie à l’École polytechnique de Zurich (ETH) avant d’y effectuer son doctorat dans le Département d’informatique sous la direction du Pr Gaston Gonnet. En 2009 et 2010, il y poursuit ses travaux en tant que postdoctorant dans le domaine de la bioinformatique et de la génomique comparative (comparaison de génomes de différentes espèces). Muni d’une bourse pour chercheur avancé du Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNS), Christophe Dessimoz s’envole en 2011 pour Cambridge (Royaume-Uni), où il rejoint le groupe de Nick Goldman à l’Institut européen de bioinformatique (EBI). En 2013, il obtient un poste de maître de conférences conjointement au Département de génétique, environnement et évolution et à celui d’informatique de l’University College de Londres (UCL). Il monte alors son propre groupe de recherche tout en continuant à travailler à l’EBI comme visiteur scientifique.

Au bénéfice d’une bourse FNS, Christophe Dessimoz est nommé professeur assistant au Département d’écologie et évolution (DEE) et au Centre intégratif de génomique (CIG) de l’UNIL le 1^er septembre 2015. En 2017, il rejoint le Département de biologie computationnelle (DBC) de l’UNIL nouvellement créé et, en parallèle, est promu professeur associé (2018-2020) puis professeur ordinaire (dès 2020) à l’UCL. Le 1^er août 2021, Christophe Dessimoz devient professeur associé au DBC. Depuis 2016, le scientifique est aussi chef de groupe à l’Institut suisse de bioinformatique (SIB). Il codirige cet institut d’avril à septembre 2022 avant d’en devenir le directeur en octobre 2022.

Les travaux de Christophe Dessimoz visent à mieux comprendre les interactions évolutives et fonctionnelles entre les gènes, les génomes et les espèces. Le premier axe de recherche consiste à déterminer comment extrapoler au mieux notre connaissance actuelle en biologie moléculaire, qui se limite à seulement quelques organismes modèles, au reste du vivant. Réciproquement, le second axe vise à identifier la manière d’exploiter la richesse et la diversité du vivant dans le but de mieux comprendre la biologie humaine et les maladies. Pour répondre à ces questions, Christophe Dessimoz développe des outils statistiques et bioinformatiques et les applique à grande échelle sur les données génomiques. Ces méthodes permettent notamment d’identifier les gènes ancestraux et de modéliser les liens évolutifs entre deux gènes de deux espèces différentes. Les outils et ressources mis en place dans son laboratoire, notamment la base de données OMA (Orthology Matrix) qui crée des liens entre les génomes de plus de 2000 espèces, sont employés par des milliers de scientifiques provenant du monde académique ou industriel. Le chercheur développe également des moyens pour évaluer et mieux structurer les outils d’annotation et de description des gènes et de leurs produits.

Le professeur s’investit dans plusieurs instances aux niveaux national et international. Il est, entre autres, membre du bureau des directeurs de l'International Society for Computational Biology (ISCB) depuis 2021 et membre du comité de pilotage du réseau suisse pour la santé personnalisée SPHN depuis 2022. Il est également l’un des coordinateurs du consortium Quest for Orthologs qui vise à optimiser les méthodes et les ressources bioinformatiques pour décrypter les liens entre les gènes.

Le travail de Christophe Dessimoz a été plusieurs fois récompensé: le scientifique compte notamment à son palmarès une distinction de l’Institut suisse de bioinformatique (2012), le prix Overton, décerné par l’ISCB à des chercheurs en début ou milieu de carrière pour l’excellence de leurs travaux en bioinformatique (2019), et le prix Optimus Agora du FNS (2021). En 2016, il est nommé EMBO Young Investigator.

Christophe Dessimoz a également publié plus de 100 articles dans de nombreuses revues scientifiques de référence telles que:

• Nature (2013, 2021),
• Nature Biotechnology (2015),
• Nature Methods (2016),
• eLife (2020),
• Genome Biology (2009, 2010, 2019),
• Genome Research (2019),
• PLOS Computational Biology (2009, 2012, 2015, 2018, 2020),
• Nucleic Acids Research (2006, 2009, 2011, 2015, 2018, 2020, 2021).

Le professeur est par ailleurs très impliqué dans l’enseignement: il a conçu et donné des cours à l’ETH, à l’Université de Cambridge, à l’UCL et à l’UNIL dès son arrivée. Sous sa direction entre 2018 et 2022, le programme doctoral en biologie quantitative a vu son nombre d’étudiant·e·s quadrupler, atteignant plus de 70 étudiant·e·s à travers la FBM. Il a également supervisé dix étudiant·e·s en thèse et une cinquantaine de projets d’étudiant·e·s en Bachelor et Master.

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