Jan Roelof van der Meer

Ce quinquagénaire hollandais est arrivé au Département de microbiologie de l’UNIL en 2003 où il est aujourd’hui professeur associé. Diplômé en sciences environnementales, le chercheur a obtenu un doctorat en microbiologie moléculaire à l’Université d’agriculture de Wageningen (Pays-Bas) puis a complété sa formation par un post-doc en microbiologie du lait à l’Institute for Dairy Research à Ede. Sa spécialisation en microbiologie environnementale l’a conduit à l’Institut de recherche de l’eau du Domaine des EPF (EAWAG) de Dübendorf où, pendant dix ans, il a travaillé en recherche appliquée sur les capacités des bactéries à dégrader les composants toxiques.

Parmi les divers projets de recherche auxquels le professeur van der Meer est actuellement associé, BACSIN (Bacterial Abiotic Cellular Stress and Survival Improvement Network), financé par l’Union européenne, dans le domaine "Food, Agriculture, Fisheries and Biotechnology" (programme cadre FP7) est le plus conséquent. L’étude dispose d’un budget de 5,6 millions d’euros, réparti entre 16 partenaires européens. Le professeur van der Meer coordonne BACSIN qui mobilise sept doctorants en microbiologie parmi une quarantaine de collaborateurs. Quatre PME, dont une de l’arc lémanique, apportent leur contribution technique.

Le but du projet BACSIN est d’exploiter les capacités de certaines bactéries de dépolluer des substances toxiques. Cette action est connue depuis plusieurs décennies et les chercheurs sont fascinés par l’idée d'introduire de telles bactéries dans un sol contaminé où elles agissent comme des agents dépollueurs très efficaces. Mais ces souches de bactéries caractérisées peuvent-elles être efficaces lorsqu’elles sont placées dans un écosystème différent, en présence de toutes sortes de prédateurs et en compétition avec d'autres microbes?

Pour les biologistes, le passage de la théorie à la pratique, est délicat. En effet, si en laboratoire, le micro-organisme, mis en contact avec le polluant, va le rendre inoffensif, une fois introduit dans le sol dont la composition est souvent complexe, il n’aura plus, voire même le contraire, de l’effet escompté. Comprendre les mécanismes biologiques qui permettent aux bactéries d’agir comme dépolluant, est un des objectifs du projet BACSIN. L’autre pôle de l’étude consiste à trouver des outils pour mesurer l’activité des populations de bactéries inoculées dans l’environnement et évaluer le degré de toxicité des polluants. Mais vu la taille des espèces de bactéries, il est difficile de les différencier.

Plusieurs sites pollués à travers l’Europe ont servi de terrain d’expérimentation. En République tchèque, une base militaire, contaminée par une large gamme de composants organiques (pétrole, solvants, produits chlorinés) a été traitée par des bactéries dotées de capacités catalytiques. A Genève, le terrain du futur éco-quartier de la Jonction, qui abritait une ancienne usine à gaz, a intéressé les microbiologistes lausannois.

Si le projet BACSIN se poursuit jusqu’en mai 2012, certaines découvertes ont déjà réjoui les biologistes. Ceux-ci ont observé qu’à la surface des feuilles de certaines plantes se trouvent une riche communauté de bactéries, capables de dégrader les polluants en suspension dans l’air, aux abords des autoroutes notamment. C’est la première fois que des résultats probants sont obtenus à une aussi large échelle.

Coordonner une étude de l’envergure de BACSIN accroît la visibilité du Département de microbiologie de l’UNIL au niveau européen et facilite les échanges scientifiques et technologiques. Dans le prolongement de BACSIN, un symposium international en biotechnologie environnementale, organisé en juillet 2011, a réuni une vingtaine de doctorants, dont la moitié en provenance des Etats-Unis. Le cours a été l'occasion pour les étudiant(e)s de pratiquer les méthodes de BACSIN et de mieux apprécier la force des bactéries dans l'environnement.

Marie-Françoise Macchi

Le chercheur aux quatre projets européens